福建前往琉球的航路非常艱險,經常發生風暴而歷屆派往琉球的册封船隊中,多有福、漳、泉之人士,故而冊封使亦非常崇信媽祖。每當前往冊封琉球的时候,冊封使都要沐浴齋戒三天,親自到福州南臺岛馮港的天后宫祭祀媽祖,並祈禱、占卜、求。此後,將媽祖和拿公的神像请上頭號封舟,將陳尚書神像請上二號封舟。至琉球後,將三像奉安久米村天后宫中。歸程前,亦要至久米村天妃宫、關帝廟祈禱,並將三像奉回封舟之上。
每當冊封船隊在海上遭遇風暴,冊封使便親自焚香向媽祖祈禱,答應歸國之後向皇帝請求為媽祖加封號或加贈褒書御筆匾額。而根據歷屆冊封使在其著作中的說法,媽祖非常霊驗。每當封舟遇暴,只要向媽祖祈禱,風暴便突然停止:有時封舟即將沖礁撞毁,舟中之人向媽祖祈禱,封舟便奇跡般地繞過島嶼。